Những chính sách chủng tộc của Đức Quốc xã, bao gồm quan điểm cho rằng những người thuộc chủng tộc thấp kém không có quyền được sống; quay trở lại những ngày đầu tiên của đảng Quốc xã; đã được Hitler bàn luận trong cuốn Mein Kampf.[116] Vào thời điểm nào đó quanh khoảng thời gian Đức tuyên chiến với Mỹ vào tháng 12 năm 1941, Hitler cuối cùng đã quyết định rằng những người Do Thái ở châu Âu phải bị tận diệt.[115] Heydrich đã sắp xếp một cuộc họp được tổ chức vào ngày 20 tháng 1 năm 1942 tại Wannsee, một khu vực ở ngoại ô Berlin. Cuộc họp có sự tham dự của các sĩ quan hàng đầu của Đức Quốc xã, mục đích là phác thảo ra các kế hoạch cho "giải pháp cuối cùng cho vấn đề Do Thái". Heydrich nêu chi tiết rằng những người Do Thái nào có thể làm việc sẽ phải làm việc cho đến chết; còn những người không thể làm việc sẽ bị giết ngay lập tức. Heydrich tính toán sẽ có khoảng 11 triệu Do Thái bị tiêu diệt, và nói với những người tham dự rằng Hitler đã đặt vai trò phụ trách cho Himmler.[117]

Vào tháng 6 năm 1942, Heydrich bị ám sát ở Praha sau một chiến dịch do Jozef Gabčík và Jan Kubiš, các thành viên của quân đội lưu vong Tiệp Khắc, cầm đầu.[118] Trong hai đám tang, Himmler-trưởng ban lễ tang-đã nhận trách nhiệm về hai đứa con của Heydrich, và ông đã đọc điếu văn tại Berlin.[119] Vào ngày 9 tháng 6, sau cuộc thảo luận với Himmler và Karl Hermann Frank, Hitler ra lệnh thực hiện các cuộc trả thù tàn bạo cho cái chết của Heydrich.[118] Hơn 13.000 người đã bị bắt, và ngôi làng Lidice bị san phẳng, những cư dân là nam giới của ngôi làng này và tất cả mọi người lớn ở ngôi làng Ležáky đều bị tàn sát. Ít nhất 1.300 người đã bị xử bắn.[120][121] Himmler đã tiếp quản vị trí lãnh đạo của Cơ quan An ninh Trung ương (RSHA) và đẩy nhanh tốc độ tiêu diệt người Do Thái trong Aktion Reinhard (Chiến dịch Reinhard), một chiến dịch được đặt theo tên Heydrich.[122] Ông ra lệnh thành lập các trại Aktion Reinhard-các trại hủy diệt đầu tiên-tại Bełżec, Sobibór, và Treblinka.[123]

Ban đầu các nạn nhân bị hành quyết bằng các xe hơi ngạt hoặc xử bắn, nhưng những phương pháp này đã chứng minh rằng chúng không thể đáp ứng được một hoạt động có quy mô lớn như vậy.[124] Vào tháng 8 năm 1941, Himmler có mặt trong đợt xử bắn 100 người Do Thái tại Minsk. Sau khi tận mắt chứng kiến, ông cảm thấy buồn nôn và run rẩy,[125] và lo ngại về tác động của những việc làm như vậy đến sức khỏe tâm thần của lính SS. Ông quyết định phải đi tìm các phương pháp thay thế.[126][127] Theo lệnh Himmler, đến mùa xuân năm 1942 khu trại ở Auschwitz đã được mở rộng lên đáng kể, bao gồm việc xây thêm các phòng hơi ngạt làm nơi tiêu diệt các tù nhân bằng việc sử dụng thuốc trừ sâu Zyklon B.[128] Tính đến thời điểm chiến tranh kết thúc, đã có ít nhất 5,5 triệu người Do Thái bỏ mạng dưới chế độ phát xít;[129] hầu hết các ước tính có phạm vi gần với con số 6 triệu người.[130][131] Vào đầu năm 1943 Himmler tham quan trại Sobibór, cho đến thời điểm đó đã có 250.000 người bị giết chỉ riêng tại khu trại. Sau khi chứng kiến một đợt hành quyết bằng khí độc, ông thăng chức cho 28 người, và ra lệnh cho trại hoạt động thư giãn. Trong một cuộc nổi dậy vào tháng 10, các tù nhân đã tiêu diệt hầu hết các lính bảo vệ và nhân viên SS và 300 tù nhân đã bỏ trốn. Hai trăm người đã chạy thoát; một vài gia nhập các đơn bị kháng chiến hoạt động trên địa bàn. Những người còn lại bị giết. Khu trại được dỡ bỏ vào tháng 12 năm 1943.[132]

Himmler là kiến trúc sư trưởng của Holocaust,[133][134][135] ông đã lợi dụng niềm tin sâu sắc vào hệ tư tưởng phân biệt chủng tộc của Quốc xã để chứng minh tính đúng đắn của việc sát hại hàng triệu người. Quốc xã đã lên kế hoạch tiêu diệt những trí thức Ba Lan và hạn chế phổ cập giáo dục đến lớp bốn đối với những ai không phải người Đức trong vùng lãnh thổ Generalgouvernement cũng như những vùng lãnh thổ đã chinh phục.[136] Hitler muốn một chủng tộc thượng đẳng thuần Aryan Bắc Âu thống trị tại Đức. Từng là một nhà nông học và nông dân Himmler đã được làm quen với các nguyên tắc lựa chọn giống, phương pháp mà ông đã đề xuất áp dụng cho con người. Ví dụ, Himmler tin rằng ông có thể sắp đặt cho quần chúng Đức có được diện mạo Bắc Âu trong vòng vài thập kỷ sau khi chiến tranh kết thúc thông qua thuyết ưu sinh.[137]

Diễn văn Posen

Vào ngày 4 tháng 10 năm 1943, trong một cuộc họp bí mật với các sĩ quan SS hàng đầu tại thành phố Poznań (Posen), và vào ngày 6 tháng 10, trong một bài diễn văn với các thành viên ưu tú của đảng—lãnh đạo Gau và các lãnh đạo Đế chế—Himmler đã đề cập một cách rõ ràng đến "sự hủy diệt" (tiếng Đức:Ausrottung) người Do Thái.[138] Một trích đoạn được phiên dịch từ bài diễn văn của ngày 4 tháng 10 như sau:[139]

Tôi cũng muốn đề cập một cách hết sức thẳng thắn đến một vấn đề hết sức khó khăn ở đây. Chúng ta giờ có thể trò chuyện rất cởi mở về điều này giữa những người chúng ta, nhưng chúng ta sẽ không bao giờ bàn luận về nó công khai. Cũng như khi chúng ta đã không ngần ngại trong ngày 30 tháng 6 năm 1934, để thực hiện nhiệm vụ của chúng ta theo mệnh lệnh và dựng những người đồng chí thất bại dựa vào tường và hành hình họ, chúng ta cũng đã không bao giờ nói về nó, cũng như chúng ta sẽ không bao giờ nói về nó. Chúng ta hãy tạ ơn Chúa rằng bản thân chúng ta đã có đủ sự dũng cảm chịu đựng sẵn có để không bao giờ bàn luận về nó giữa chúng ta, và chúng ta không bao giờ nói về nó. Mỗi người trong số chúng ta đều kinh hãi, nhưng mỗi người đều hiểu rõ rằng chúng ta sẽ làm điều đó vào lần tới, khi có mệnh lệnh và khi nó trở nên cần thiết.

Tôi giờ đang đề cập đến “sự di tản” của người Do Thái, đến sự tận diệt của người Do Thái. Đó là điều gì đó mà nói ra dễ dàng: 'Người Do Thái sẽ bị tiêu diệt', mọi thành viên của đảng nói, 'điều này là hiển nhiên, nó nằm trong chương trình của chúng ta—trừ khử người Do Thái, sự hủy diệt, một vấn đề nhỏ.' Và rồi bọn họ tiến lên, 80 triệu người Đức ngay thẳng, và mỗi người có một người Do Thái tử tế. Họ nói những kẻ khác đều là lũ đáng ghét, nhưng đây ngoại lệ một người Do Thái tuyệt vời. Nhưng không ai trong số họ từng quan sát nó, chịu đựng nó. Hầu hết mọi người ở đây hiểu rằng nó ở đây là gì khi 100 tử thi nằm cạnh nhau, khi có 500 hay khi có 1.000. Để có thể chịu đựng điều này và tại cùng thời điểm để giữ lại một người tử tế—với những trường hợp ngoại lệ do sự yếu đuối của con người—đã làm chúng ta khó khăn, và là một chương huy hoàng mà không và sẽ không được nói đến. Bởi chúng ta biết sẽ khó khăn thế nào cho chúng ta nếu chúng ta vẫn để cho những kẻ phá hoại, những kẻ quấy rối và những kẻ kích động quần chúng người Do Thái ẩn trong mỗi thành phố, cùng với bom đạn, gánh nặng và những gian khổ của chiến tranh. Nếu người Do Thái vẫn là một phần của dân tộc Đức, chúng ta nhiều khả năng sẽ đi đến hiện tại là một đất nước mà chúng ta đã từng trải qua vào năm 1916 và 1917...[140][141]

Động cơ của Hitler gửi trong các bài diễn thuyết của Himmler là để bảo đảm rằng tất cả các lãnh đạo của đảng đều được nhận thức về các kế hoạch và hành động. Do đó sau này họ sẽ không thể phủ nhận sự hiểu biết của mình về cuộc tàn sát chủng tộc. Bởi vì quân Đồng Minh cho thấy rằng họ sẽ theo đuổi cáo buộc hình sự những tội ác chiến tranh của Đức, Hitler cố gắng để có được sự trung thành và im lặng của cấp dưới bằng cách lôi tất cả bọn họ tham gia vào kế hoạch diệt chủng.[138]

Đức hóa vùng chiếm đóng

Với tư cách Ủy viên Đế chế về Tăng cường Tính quốc gia Đức (RKFDV) Himmler dính líu sâu sắc đến chương trình Đức hóa vùng phía Đông, đặc biệt là Ba Lan. Khi Kế hoạch Tổng thể cho phía Đông được sắp đặt, mục đích của nó là trục xuất, tiêu diệt, hoặc buộc các cư dân địa phương làm nô lệ và tạo ra Lebensraum ("không gian sống") cho Volksdeutsche (dân tộc Đức). Himmler vẫn tiếp tục kế hoạch thực dân hóa vùng phía Đông của mình, kể cả khi nhiều người Đức không tự nguyện muốn chuyển đến đó ở, và bất chấp những ảnh hưởng tiêu cực của việc làm này đến nỗ lực chiến tranh.[142][143]

Các nhóm chủng tộc của Himmler bắt đầu với Volksliste, phân nhóm người được cho là mang dòng máu Đức. Himmler ra lệnh những người từ chối để được phân loại làm người dân tộc Đức sẽ bị trục xuất đến các trại tập trung, hoặc bị chỉ định làm lao động cưỡng bức, và con của họ sẽ bị đem đi.[144][145] Niềm tin của Himmler rằng "khả năng chịu đựng nằm trong bản chất của dòng máu Đức” dẫn ông tới kết luận người Baltic hay người Slav, những chủng tộc kháng lại được Đức hóa sẽ là những chủng tộc ưu việt đối với những kẻ biết nghe lời hơn.[146] Ông tuyên bố rằng không giọt máu Đức nào sẽ bị mất hay bị bỏ lại để trộn lẫn với một "chủng tộc nước ngoài" khác.[143]

Kế hoạch này cũng bao gồm việc bắt cóc trẻ em Đông Âu.[147] Himmler thúc giục:

Rõ ràng là trong sự pha trộn của con người như vậy, sẽ luôn có một số loại chủng tộc tốt. Vì thế, tôi nghĩ đem những đứa trẻ về là nhiệm vụ của chúng ta, để tách xa chúng khỏi môi trường hiện tại, nếu cần thiết bằng cách cướp hoặc bắt trộm chúng. Hoặc là chúng ta sẽ có được bất kỳ giống nòi tốt nào mà chúng ta có thể sử dụng cho bản thân chúng ta và cho chúng một vị trí trong chúng ta,... hoặc chúng ta sẽ tiêu hủy nó.[148]

Những đứa trẻ "có giá trị chủng tộc" đều bị cắt đứt mọi mối liên hệ với người Ba Lan và sẽ lớn lên với tư cách là người Đức, với tên của người Đức.[147] Himmler tuyên bố, "Chúng ta có niềm tin trên tất cả trong dòng máu này của chúng ta, dòng máu đã chảy vào một dân tộc ngoại bang qua sự thăng trầm của lịch sử nước Đức. Chúng ta cam đoan rằng những triết lý và lý tưởng của chúng ta sẽ vang dội trong tâm hồn của những đứa trẻ mà dòng dõi của chúng thuộc về chúng ta."[147] Những đứa trẻ được các gia đình Đức nhận làm con nuôi.[145] Đứa trẻ nào mà ban đầu được tập hợp nhưng về sau bị từ chối sẽ được đưa đến một khu Do Thái ở Łódź, nơi mà cuối cùng hầu hết trong số chúng sẽ chết.[147]

Đến tháng 1 năm 1943, Himmler báo cáo rằng có 629.000 người dân tộc Đức đã được di dời đến nơi ở mới; tuy nhiên, hầu hết những người Đức tái định cư không được sống trong những trang trại nhỏ như mường tượng, mà là trong các trại tạm bợ hoặc các khu nhà trong thị trấn. Nửa triệu cư dân của những vùng lãnh thổ Ba Lan sáp nhập, cũng như những cư dân đến từ Slovenia, Alsace, Lorraine, và Luxembourg bị trục xuất đến Generalgouvernement hoặc đưa đến Đức làm lao động nô lệ.[149] Himmler ra chỉ thị rằng nước Đức nên nhìn nhận những lao động nước ngoài như là một mối nguy hiểm cho dòng giống Đức.[150] Theo luật chủng tộc Đức, quan hệ tình dục giữa người Đức và người nước ngoài bị cấm và được cho là Rassenschande (làm ô uế chủng tộc).[151]